Jego miejsce pobytu pozostaje nieznane po domniemanej próbie zamachu stanu przeprowadzonej przez elitarną jednostkę wojskową, która dołączyła do masowych, młodzieżowych protestów antyrządowych, domagających się jego rezygnacji.
Kraj od tygodni jest ogarnięty protestami, które rozpoczęły się z powodu braków prądu i wody, a następnie przerodziły się w szerszy ruch przeciwko biedzie, korupcji i rosnącym kosztom życia. Tysiące głównie młodych protestujących ponownie wypełniło we wtorek ulice Antananarivo, wzywając Rajoelinę do ustąpienia w obliczu narastającej frustracji z jego przywództwa.
Punkt zwrotny nastąpił w sobotę, gdy potężna jednostka wojskowa CAPSAT zdezerterowała i ogłosiła kontrolę nad siłami zbrojnymi Madagaskaru. Grupa, która odegrała kluczową rolę w dojściu Rajoeliny do władzy w 2009 roku, zaprzecza, jakoby przeprowadziła zamach stanu, ale mianowała nowych szefów wojska i żandarmerii. Choć na ulicach panował względny spokój, atmosfera w stolicy była napięta, ponieważ ruchy wojsk i zniknięcie prezydenta pozostawiły kraj w stanie politycznej niepewności.